La guía del docente es un recurso que acompaña el desarrollo del programa en el aula. Esta guía está totalmente alineada al Currículo Nacional de la Educación Básica. Se compone de tres secciones: La primera describe los fundamentos pedagógicos que sostienen el programa, la segunda parte brinda orientaciones sobre la actitud y los principios que debe considerar el docente en su práctica pedagógica para despertar el interés en los escolares por aprender ciencias. La tercera parte brinda indicaciones específicas para el desarrollo de cada una de las sesiones de la bitácora experimento de 2do grado considerando el método de indagación, en la que se visualiza la meta de aprendizaje, la pregunta central, las actividades de inicio, desarrollo y cierre.
Los módulos que plantea esta propuesta son: Seres vivos, Biodiversidad, Tierra y universo y Materia y energía.