Nació en Chachapoyas el 13 de febrero de 1545. Fue un bilingüe de cuna:
dominó el quechua de su madre, doña Francisca Pérez y el castellano de su padre, el capitán y encomendero Luis Valera. Hizo los estudios de latinidad y los superiores de teología y humanidades (1560-1568), en el primer colegio del Perú fundado en Trujillo por el parisino Diego del Canto Corne, docto en lenguas clásicas, con quien aprendió latín, griego y hebreo. Siendo clérigo, se incorporó a la Compañía de Jesús y en 1573 fue consagrado como el primer jesuita peruano.