El imperio de los muertos explica cómo un conjunto de momias incas, cráneos andinos y una antigua cirugía conocida como «trepanación» se convirtieron en los «antiguos peruanos», una de las mayores poblaciones humanas reunidas por museos del Perú, las Américas y el mundo. Esta historia comienza con la invasión española de 1532, que transformó a los seres sagrados y «muertos vivos» en trofeos de conquista y objetos de huaqueo. Más adelante, en los siglos XIX y XX, los esfuerzos de científicos peruanos, ingleses y norteamericanos reconfiguraron a estos restos como especímenes de raza, pruebas arqueológicas y —gracias a la figura decisiva de Julio C. Tello— ancestros nacionales, lo que evidenció la capacidad científica y la grandeza de las civilizaciones prehispánicas.