La desnutrición crónica infantil es la ingesta alimentaria inadecuada, tiene consecuencias negativas en el desarrollo infantil a corto y largo plazo, y como consecuencias intergeneracionales afecta el bienestar social. Por ello, el objetivo fue analizar el impacto de los programas sociales alimentarios de Vaso de Leche y Qali Warma sobre la desnutrición crónica infantil en niños menores de 3 a 5 años en la región de Puno. Se utiliza el modelo Logit y el método de Efecto Tratamiento Promedio en la Población Tratada (ATET) para evaluar el impacto, se ha utilizado 3482 observaciones, los datos provienen de la Encuesta Demográfica y de Salud Familiar (ENDES). Los resultados muestran que el programa social alimentario Qali Warma no tendría impacto sobre la disminución de la desnutrición crónica infantil en la región Puno, mientras Vaso de leche si tuvo un impacto significativo de menos 1.4%. Finalmente, la ausencia de impacto de Qali Warma sobre la desnutrición, demuestra que persisten las deficiencias en el diseño y gestión de su funcionamiento, mientras que la asistencia de Vaso de Leche, la lactancia materna, agua potable y nivel educativo de la madre determinan la reducción de la desnutrición crónica y la severidad de la anemia eleva la desnutrición.